Choć działał od pierwszych dni września 1939 r., z początku Zivilgefangenenlager Stutthof nie miał statusu obozu koncentracyjnego, ale miejsca odosobnienia osób cywilnych. W rzeczywistości pełnił jednak właśnie rolę obozu, którego status otrzymał oficjalnie 7 stycznia 1942 r. Podobnie jak w okupowanej Polsce, polityka Niemiec hitlerowskich w dawnym Wolnym Mieście Gdańsku dążyła do sprowadzenia Polaków do grupy niewykwalifikowanych pracowników fizycznych. Drugim założeniem polityki rasowej był zamiar eksterminacji biologicznej Żydów. Sam obóz powstał u nasady Mierzei Wiślanej, przy drodze, na zachód od wsi Sztutowo. Od zabudowań dzieliło go kilka kilometrów. Już od pierwszych dni do obozu ściągano Polaków i Żydów, a także osoby chore psychicznie. Jeszcze przed wojną działające na Pomorzu niemieckie 'oddziały samoobrony' sporządziły wykaz osób, według którego od pierwszych dni wojny przystąpiono do masowych aresztowań. Byli to głównie polscy działacze narodowi, polityczni i religijni. Pierwszym komendantem, od 2 września 1939 r., był SS-Obersturmbannführer Max Pauly. Sprawował tę funkcję do 31 sierpnia 1942 r., kiedy objął obóz w Neuengamme. W 1946 r. brytyjski trybunał wojskowy skazał go na karę śmierci. Jego winy były podobno tak oczywiste, że wojskowi oskarżyciele nie ściągali nawet świadków oraz dokumentów dotyczących działalności w Stutthofie. Od początku w obozie panował terror strażników, dokonywany pod płaszczykiem prawa rasowego. W obozie zginęło łącznie 65 ze 110 tys. więźniów, byli oni obywatelami 28 państw. Załoga liczyła podczas wojny jednorazowo do 800 osób. Większość z nich nie została po wojnie osądzona.